Die Kläranlage Wertach-Ost wird beschickt von vier Druckleitungen, die jeweils von Germaringen und Mauerstetten, von Rieden und Zellerberg, von Pforzen sowie von Ingenried im Sammelschacht des Eilaufbauwerkes einmünden. Hier erfolgt eine gezielt Vermischung der Abwässer, die nachfolgend im freien Gefälle durch die gesamte Kläranlage fließen.
Der erste Reinigungsschritt wird in einer Feinsiebrechenanlage erreicht. In diesem automatisch arbeitenden Rechen werden die Grobstoffe von mehr als 6 mm Größe entfernt und einer Rechengutpresse zugeleitet. In dieser wird das wasserhaltige Rechengut abgepresst und in einen deponiefähigen Zustand gebracht.
Zur Entfernung des Sandes wurde ein belüfteter Längssandfang mit einer Kammer ausgebildet. Der abgesetzte Sand wird mittels eines Räumers in einen Trichter befördert, von welchem er in dem Sandklassierer im Rechengebäude zur Auswaschung organischer Bestandteile gefördert wird. Parallel hierzu wird Fett und Öl abgeschieden.
Die vollbiologische Reinigung erfolgt in belüfteten Abwasserteichen in einer 1. Stufe im intensiver Belüftung und Schlammrückführung, in einer 2. Stufe allein mit gemäßigter Belüftung.
Die gesamte Teichanlage wurde zweistraßig ausgeführt, sodass jedes Becken unabhängig von dem anderen außer Betrieb genommen werden kann. In den belüfteten Teichen erfolgt die biologische Reinigung mit Hilfe von Mikroorganismen, z.B. Bakterien, die die organischen Verschmutzungsstoffe des Abwassers als Nahrung aufnehmen.
Hierzu benötigen sie Sauerstoff, der durch Lufteintrag aus Belüfterketten künstlich zur Verfügung gestellt wird. Die Druckluft aus Kompressoren im Betriebsgebäude wird eingetragen durch Belüfterketten mit Schwimmkörpern, an welchen durch Fallrohre der Sauerstoff kurz über der Beckensohle feinblasig ausgeblasen wird. Hierdurch erfolgt auch eine kontinuierliche Turbolenz in den Teichen, die durch laufende hin und her Bewegung der Belüfterketten unterstützt, ein Absetzen des biologischen Schlammes verhindert.
Einen spezielle Steuerung sorgt dafür, dass die Belüftung zeitweise ausgeschaltet wird und hierdurch sauerstofffreie Zonen in den Teichen entstehen. Hierdurch wird nicht nur Kohlenstoff und organischer Stickstoff, sondern auch Nitrat und Phosphor aus dem Abwasser entfernt.
Eine Schlammsammelrinne im Ablauf ersten Teichstufe ermöglicht eine Rückführung des biologischen Schlammes in dem Teichzulauf mit Hilfe eigener Kreiselpumpen, die im Betriebsgebäude aufgestellt sind.Auf diese Weise kann ein konstantes Verhältnis zwischen Bakterien und Verschmutzung eingestellt werden.
Zur Versorgung der belüfteten Abwasserteiche mit Sauerstoff sind im Keller des Betriebsgebäudes 4 Drehkolbengebläse mit einer Leistung von je 4.000 Norm cbm/h aufgestellt. Geregelt werden diese Gebläse von Sauerstoffelektroden die in den beiden ersten Teichen für einen etwa konstanten Sauerstoffgehalt sorgen.
Ein Computer sorgt für die optimale Bildung von sauerstofffreien Zonen zur Denitrifikation und Phosphorelimination.90% der biologischen Reinigung erfolgt in der ersten Teichstufe. In der zweiten Teichstufe wird nur eine Schönung des gereinigten Abwassers erzielt.
Den belüfteten Teichen sind zwei Nachklärteiche nachgeschaltet, in welchen noch restliche Schwebestoffe sedimentiert werden können. Da sich insbesondere im Sommer in diesen Nachklärteichen ein starker Algenbewuchs einstellt und dieser als Sekundärverschmutzung dem Vorfluter ferngehalten werden soll, wurde als letzte Reinigungsstufe ein Pflanzgraben vorgesehen.
In diesem muss das gereinigte Abwasser durch ein Kiespolster als Filter mit Bepflanzung mit verschiedenen Binsen, Liliengewächsen und weiteren Pflanzen fließen, wobei Algen und andere Restverschmutzungsstoffe zurückgehalten werden.